Омский ГАУ активно взаимодействует в области науки и образования с более чем 100 университетами и организациями из 21 страны мира. Реализуется более 30 международных проектов и программ, в том числе программы получения двойных магистерских дипломов. На сегодняшний день у Омского ГАУ 45 устойчивых партнерств из 5 стран-участниц Шанхайской организации сотрудничества (ШОС). Активно реализуется модель эффективной профориентации: создано более 40 агроклассов в муниципальных районах Омской области и на базе школ города Омска. В 2015 году посредством объединения университета и 23 организаций СПО создана Ассоциация аграрного образования; организована работа со школьниками путем создания «Малой академии школьников «Аграрвадс» (подготовка по химии, физике, иностранному языку; робототехника; информационная безопасность); создаются и постепенно развивают свою деятельность Центры практической подготовки и маркетинга на базе крупнейших предприятий региона (стажировки, мастер-классы, совместные исследования). Университет имеет широкую инфраструктуру для эффективной практической подготовки обучающихся: учебно-опытное хозяйство, ветеринарную клинику, центр эндоскопической хирургии, учебный центр обработки материалов.
В области научных разработок для агропромышленного комплекса университет имеет огромный авторитет на региональном, всероссийском и международном уровне. За последние пять лет объем финансирования НИОКР вырос на 60% и достиг 49 млн руб. За последние 20 лет университетом получено более 500 патентов и свидетельств на объекты интеллектуальной собственности, включая 12 патентов на селекционные достижения: сорта мягкой яровой пшеницы, овощной и зерновой фасоли. Научно-исследовательская база включает более 20 современных научно-исследовательских лабораторий, оснащенных уникальным оборудованием, включая единственную за Уралом лабораторию гидравлики.
В настоящее время в университете созданы и успешно развиваются 28 научных школ и 11 научных направлений. На базе научной школы с 2009 года создан и функционирует первый в России региональный центр — Международный центр улучшения кукурузы и пшеницы (СИММИТ). На базе научной школы «Селекция и генетика сельскохозяйственных культур. Физиология растений» в 2014–2016 годах создан и функционирует центр интенсификации прикладных разработок, включающий два совместных с предприятиями реального сектора экономики селекционно-семеноводческих центра и семеноводческий центр на базе учебно-опытного хозяйства университета. Основной результат функционирования центра по состоянию на 2016 год — более 40% посевных площадей Омской области занято под пшеницей селекции Омского ГАУ. Кроме того, достижениями Омского ГАУ в области селекции зерновых культур активно пользуются в других субъектах Западной Сибири, а также на Южном Урале и в Северном Казахстане.